根据您提供的知识库信息，关于河南省申报企业使用的“资质专用章”是否需要在公安系统备案，可以得出以下结论：

通常情况下，“资质专用章”作为业务专用章的一种，不需要强制在公安机关备案，但其管理和使用必须规范。

详细分析：
区分不同类型的印章：
根据百度搜索结果（2023年8月9日），公司公章、合同专用章、财务专用章是具有法律效力、代表企业法人行为的，必须到公安机关备案。
而“业务专用章”则属于可以备案也可以不备案的范畴。
“资质专用章”的性质：
“资质专用章”并非一个标准的法定名称。它很可能是指企业在办理各类行政许可、资质申报等业务时使用的部门章或专用业务章。
这类印章主要用于内部流程或向政府部门提交材料，一般不具备对外签订合同、进行财务结算等核心法律效力，因此被归类为“业务专用章”。
备案主体与流程：
泰州市人民政府的信息（2024年9月27日）明确了公章刻制备案的流程：由承刻单位在完成刻制后，将信息上传至省级印章治安管理信息系统进行备案。
这一规定主要针对的是前述的公章、合同章、财务章等关键印章。
对于“资质专用章”这类非核心业务章，虽然没有强制备案要求，但企业内部应建立严格的管理制度，包括刻制申请、审批、保管和使用登记。
地方管理实践：
您提供的“河南垣曲印章管理办法”（2025年9月7日）虽然是一个示例性文件，但反映了普遍的管理原则。该办法规定，重要印章（如行政公章、合同章、财务章）需按公安机关规定备案，而其他业务专用章则主要在企业内部进行备案和管理。
结论
对于用于申报乙级建筑设计资质的“资质专用章”，河南省并未强制要求其必须在公安系统备案。它属于“业务专用章”范畴，备案与否有选择权。然而，企业仍需确保此类印章的刻制、保管和使用符合内部管理制度，并在提交资质申报材料时保证盖章的规范性和真实性。

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