申请隧道工程专业承包资质主要有网上办理和现场办理两种方式：
网上办理：许多地区都实现了资质申报的电子化，企业可以登录当地住建部门的资质管理系统或政务服务网进行申报。例如，辽宁省的隧道工程专业承包资质二级申报，就是通过辽宁省政务服务网进行网上办理，企业在系统中填写相关信息、上传申请材料即可。江苏省的交通施工企业资质申报，对于省住建厅许可的隧道工程专业承包二级资质，企业需在省住建厅资质管理系统中向注册地所在市住建主管部门提交资质申请，并提交所有附件资料的扫描件。
现场办理：部分地区可能仍保留现场提交申请材料的方式，企业需要前往当地住建部门指定的办事地点，提交纸质申请材料。例如辽宁省隧道工程专业承包资质二级申报，办理地点为辽宁省沈阳市皇姑区崇山中路 103 号三楼 5 号窗口，不过办事者到办事地点次数为 0 次，因为可以全程网上办理。企业在进行资质申报前，建议先咨询当地住建部门，了解具体的申报方式和要求。
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