企业存在违法违规行为通常会影响建筑机电工程资质办理，具体影响如下：
新办资质：若企业在申请建筑机电工程新办资质时隐瞒真实情况或提供虚假材料，按照《建筑业企业资质管理规定》，会被给予警告，且 1 年内不得再次申请建筑业企业资质 。要是企业通过欺骗、贿赂等不正当手段成功取得资质，相关部门会撤销其资质证书，并且 3 年内不受理其再次提出的资质申请 。
资质升级和增项：根据《建筑业企业资质管理规定》第二十三条，企业申请资质升级、资质增项时，在申请之日起前一年至资质许可决定作出前，若有超越本企业资质等级承揽工程、与建设单位或其他企业串通投标、未取得施工许可证擅自施工、将承包工程转包或违法分包、违反国家工程建设强制性标准施工、恶意拖欠分包企业工程款或者劳务人员工资等违法违规行为，资质许可机关不予批准其建筑业企业资质升级申请和增项申请 。
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