南阳市设施农业工程甲级资质应向**南阳市住房城乡建设主管部门**申请。

根据《河南省住房和城乡建设厅关于进一步规范建设工程企业资质管理的通知》，南阳市住房城乡建设主管部门以授权方式承接了建筑业企业资质和工程监理企业资质省级审批权限。涉及公路、水运、水利资质的，由河南省住房和城乡建设厅和南阳市住房城乡建设主管部门分别会同同级相关部门审查，涉及通信资质的由河南省住房和城乡建设厅会同省通信管理局审查。

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