企业变更南阳市渔港渔业工程乙级资质，一般按以下流程进行：
1. **准备材料**：
    - 企业法定代表人签署的资质变更申请书，详细说明变更内容及原因。
    - 企业原资质证书正、副本。
    - 企业营业执照副本。
    - 与资质变更事项相关的证明材料，如企业名称变更需工商部门出具的名称变更核准通知书；法定代表人变更需新法定代表人身份证明、任职文件；注册资本变更需验资报告等。
2. **网上申报**：登录南阳市建设行政主管部门指定的资质管理系统，按要求填报资质变更申请信息，并上传准备好的材料。
3. **受理审核**：主管部门收到申请后，对申报材料进行形式审查和实质审查。材料不齐全或不符合法定形式的，会一次性告知需要补正的全部内容；符合要求则进入审核环节，核查企业的人员、业绩、技术装备等是否符合资质标准及变更要求，必要时会进行实地核查或要求企业补充其他材料。
4. **公示公告**：审核通过后，相关变更信息会在官方网站进行公示，公示期一般为10个工作日左右，接受社会监督。公示无异议后，予以公告。
5. **领取新证**：公告结束后，企业可携带相关凭证前往主管部门领取新的资质证书。

具体流程可能因当地政策和实际情况略有差异，建议企业提前咨询南阳市建设行政主管部门，以确保按规定程序完成资质变更。

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