南阳市水利行业灌溉排涝甲级资质的申请，需要先向南阳市住房和城乡建设局提交申请材料。
市住建局会对申请材料进行初审，初审通过后，将上报至河南省住房和城乡建设厅。省住建厅会对申报材料进行审核，并可能组织专家进行实地核查或评审。最终，由住房和城乡建设部进行审批并公示审批结果。因为水利行业灌溉排涝甲级资质属于较高等级的资质，其审批权限在国家住建部，省级和市级主管部门主要负责初审和审核上报等工作。

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