企业拥有南阳市水利行业灌溉排涝乙级资质，变更流程如下：
1. **准备材料**：
    - 填写《企业资质变更信息申请表》。
    - 提供企业营业执照副本复印件。
    - 提供资质证书副本原件，企业名称变更的还需提供资质证书正本原件。
    - 提供与资质变更事项有关的其他证明材料，如企业地址变更需提供新地址的证明材料（房产证复印件、租赁合同等）；法定代表人变更需提供新法定代表人身份证明及任职文件等。
2. **网上申报**：登录河南省政务服务网或南阳市建设行政主管部门指定的资质管理系统，按要求填报变更信息，并上传准备好的材料。
3. **提交申请**：将网上申报通过后的材料，按照当地主管部门的要求，提交至南阳市建设行政主管部门窗口或指定地点。部分地区可能还需要同时提交纸质材料，注意材料需加盖企业公章，确保齐全、符合法定形式。
4. **审核环节**：主管部门对提交的材料进行审核，若材料存在问题，会通知企业补充或修改。审核可能包括形式审查和实质审查，形式审查主要核查材料的完整性和规范性，实质审查则可能涉及对变更事项的合法性、真实性等方面的审查。
5. **领取新证**：审核通过后，企业按照主管部门的通知要求，前往指定地点领取变更后的资质证书。如果是通过电子资质证书的方式发放，企业可通过线上平台下载电子证书。

不同地区的具体要求和流程可能会有差异，建议企业在办理前详细咨询南阳市建设行政主管部门或相关资质管理部门，以确保准备充分、办理顺利。

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