港口与航道工程乙级设计资质申请流程的第一步通常是企业自我评估与准备阶段，具体来说，这包括以下几个初始步骤：

确认资质申请条件：企业首先需要仔细研究并确认住房和城乡建设部或地方建设行政主管部门发布的最新版《工程设计资质标准》中关于港口与航道工程乙级设计资质的具体要求，包括企业资信能力、技术人员配置、工程设计业绩等方面的标准。

企业注册与基本信息准备：确保企业已经完成工商注册，获取营业执照，并准备好企业章程、组织机构代码、税务登记等基础法律文件。

组建专业团队：根据资质要求，开始招募或确认已有的专业技术人员，特别是注册土木工程师（港口与航道工程）、其他注册工程师以及具有相应职称的技术人员，确保团队构成满足资质标准。

整理技术人员资料：收集并核对技术人员的执业资格书、职称书、劳动合同、社会保险缴纳明等，确保所有人员资料真实有效，符合申请要求。

准备业绩明材料：整理已完成的工程项目设计合同、验收报告、用户评价等业绩明材料，以明企业具有实际设计经验和能力。

完成这些初步准备工作后，企业便可以正式进入资质申请的下一阶段，即正式提交申请、接受审批部门的资料审查、现场核查（如有必要）、直至最终获得资质书的过程。在整个申请流程中，保持与审批机关的良好沟通，及时响应补正通知，也是成功申请的关键。

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