是的，所有用于申报资质的人员，其社会保险必须由申请企业（或其合法设立的分支机构）直接缴纳。 这是资质审查中的硬性规定。

根据住房和城乡建设部门的相关政策（如湖北省住建厅发布的政策问答），具体要求如下：

必须由申报企业缴纳：用于申请资质的人员（包括技术负责人、注册建造师、职称人员、技术工人等），其社保必须以申报企业或申报企业的分支机构名义缴纳。
其他方式不予认可：
上级公司或子公司缴纳：如果由集团总部、母公司或子公司为其缴纳社保，不予认可。
人力资源服务机构（劳务派遣/代缴）缴纳：通过第三方人力资源公司进行劳务派遣或社保代缴的人员，不被认定为申报企业的自有员工，其社保缴纳记录不予认可。
个人缴纳：以灵活就业人员身份自行缴纳的社保，无效。
事业单位缴纳：如果人员社保仍在原事业单位，不予认可。
核心原则：
主管部门审核社保的目的是确认申报人员与申请企业之间存在真实、合法、唯一的劳动关系。因此，必须是申报企业直接与员工签订劳动合同，并从企业账户直接为员工缴纳社会保险，才能证明该人员是企业的在职员工。

总结：
为确保资质申请顺利通过，所有申报人员都必须与申请企业建立正式的劳动关系，并由该企业直接为其缴纳社会保险。任何形式的“挂靠”或“代缴”都无法满足资质审查的要求。

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