在办理企业资质过程中遇到问题时，您可以咨询以下部门或机构：

1. **工商行政管理部门（市场监督管理局）**：负责企业的登记注册、市场监管、行政执法等工作。如果您在企业设立、变更、注销等环节遇到问题，可以向该部门咨询。

2. **税务部门**：负责企业的税收征管工作。如果有关于税务登记、纳税申报、税收优惠等方面的问题，可以联系当地税务机关寻求帮助。

此外，根据具体的企业资质类型，您还可能需要咨询以下特定部门：

- **建设行业相关资质**：如果是建筑业企业资质申请方面的问题，可以咨询住房和城乡建设部门。
  
- **食品和**品行业资质**：涉及食品生产许可、**品经营许可等，可以联系食品**品监督管理部门。

- **其他特定行业资质**：针对不同的行业，如金融、教育、医疗等，有相应的监管机构，例如银保监会、教育部、卫生健康委员会等，也可以提供相关的指导和支持。

除了****机构外，您还可以考虑咨询专业的法律顾问或业务顾问，他们通常对各类企业资质的申请流程有着深入的理解，并能提供专业的建议和服务。同时，一些行业协会也可能提供咨询服务，帮助企业更好地理解和满足资质要求。