申请地质灾害防治资质时，是否需要提交安全生产许可证取决于具体的法规要求和当地自然资源主管部门的规定。从提供的资料来看，并没有明确提到必须提交安全生产许可证的要求，但有提到单位应当具有健全的安全管理体系。

在实践中，很多地方的自然资源主管部门会要求申请单位提供证明其具备安全生产条件的相关材料，这可能包括但不限于安全生产许可证。这是因为地质灾害防治工程往往涉及到施工现场的安全管理，确保施工过程中的人员安全和工程质量至关重要。

具体来说：

- **安全管理体系**：申请单位需要拥有健全的安全管理体系和质量管理体系，这是申请地质灾害防治资质的基本条件之一。
  
- **安全生产许可证**：对于一些特定类型的建设工程活动，国家法律、法规明确规定了需要取得安全生产许可证。虽然直接的条款未指出地质灾害防治资质申请必须提交安全生产许可证，但在实际操作中，为了证明企业具备相应的安全生产能力，某些地区可能会要求提供此类证件或相关证明文件。

因此，为了确保准确性，建议直接咨询南阳市自然资源和规划局或查阅最新的官方指南，以了解是否需要提交安全生产许可证以及如何满足所有相关的安全生产要求。此外，也可以参考其他省份如广东省、河南省等地的具体规定作为参考，因为各地的具体要求可能存在差异。