企业在安全生产许可证有效期内如果发生了生产安全事故，这可能会影响其后续的延期申请。具体影响取决于事故的性质、严重程度以及企业在事故中的责任等因素：

1. **未发生死亡事故**：如果企业在安全生产许可证有效期内严格遵守有关安全生产的法律法规，并且未发生导致人员死亡的事故，在许可证有效期届满时，经原安全生产许可证颁发管理机关同意，通常可以不再审查，直接将许可证有效期延期3年。

2. **发生了一般事故**：如果企业发生了没有造****员死亡的一般性生产安全事故，根据具体情况，可能仍有可能获得安全生产许可证的延期批准，但需要向发证机关提交详细的事故报告及整改措施证明材料，并接受必要的审查。

3. **发生死亡事故或其他重大事故**：若企业在许可证有效期内发生了导致人员死亡的重大事故，尤其是当企业对事故发生负有责任时，则在申请安全生产许可证延期时可能会遇到更严格的审查。此时，企业可能需要按照新申请安全生产许可证的标准重新进行全面审查，包括但不限于安全管理制度、安全设施设备状况、人员培训情况等方面的检查。

总之，一旦发生生产安全事故，企业应当立即采取措施进行整改，并确保所有整改措施符合相关法规要求。此外，及时与当地安全生产监督管理部门沟通，了解具体的处理流程和要求也是非常重要的。这样可以在最大程度上减少对企业安全生产许可证延期申请的影响。