申请农业工程乙级资质时，设计合同与设计成果文件的提交要求通常包括以下几个方面：

设计合同：

提供与业主签订的农业工程项目设计合同原件或复印件，明企业具备承担农业工程设计任务的合法权利。合同内容应包括项目名称、设计范围、设计内容、设计周期、设计费用、双方责任与义务、违约责任等内容。
设计成果文件：

提交已完成的农业工程项目设计成果文件，如设计说明书、施工图、计算书、设计变更单、设计交底记录、设计会审记录、设计回访记录等。设计成果文件应符合国家和地方有关农业工程设计标准、规范和规程要求，且与设计合同约定的设计内容相一致。
设计质量控制：

企业提供农业工程项目设计质量控制文件，如设计质量管理制度、设计质量检查记录、设计质量评价报告等，明企业在设计过程中实施了有效的质量控制措施。
设计变更：

如有设计变更，应提供设计变更通知书、设计变更审批表、设计变更图纸、设计变更费用结算单等文件，明设计变更的合理性和合法性。
设计文件审查：

企业应提交设计文件审查意见书、设计文件审查会议纪要、设计文件审查报告等文件，明设计文件已经过相关政府部门或第三方机构的审查，并符合农业工程设计标准、规范和规程要求。
设计成果交付：

提供设计成果交付确认书、设计成果验收报告、设计成果使用评价报告等文件，明设计成果已经交付给业主，并得到了业主的认可和满意。
设计成果归档：

企业提供设计成果归档目录、设计成果归档明、设计成果保管记录等文件，明设计成果已经按照相关规定进行了归档，并得到有效保管。
设计成果保密：

企业提供设计成果保密协议、设计成果保密措施、设计成果泄密处理记录等文件，明企业对设计成果采取了必要的保密措施，并对设计成果的保密性进行了有效管理。

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